Tháng 12 ÂL năm thứ 30 (1293), Thế Tổ phát bệnh, triệu Bá Nhan – khi ấy đang ở Đại Đồng – về kinh sư. Tháng giêng năm sau (1294), Thế Tổ băng hà, Bá Nhan đứng đầu bá quan lo việc tang. Binh mã tư xin vào lúc mặt mọc, mặt trời lặn đều dóng chuông, để phòng biến cố, Bá Nhan kêu lên rằng: “Ngươi muốn làm loạn à! Cứ như ngày thường là được!” Có kẻ trộm bạc trong nội phủ, quan tể bắt được, muốn giết đi, Bá Nhan nói: “Thời nào không có trộm, bây giờ ai được phép giết trộm?” mọi người đều phục ông có kiến thức. Hoàng tôn Thiết Mục Nhĩ lên ngôi ở Đại An các tại Thượng Đô, tức là Nguyên Thành Tông; bởi các thân vương dị nghị, Bá Nhan nắm kiếm đứng trên thềm điện, đọc giáo huấn của tổ tông, tuyên bố cố mệnh, trình bày ý định lập Thành Tông của Thế Tổ, lời lẽ và sắc mặt đều rắn rỏi, khiến chư vương sợ run, quỳ lạy dưới điện. Tháng 5 ÂL, được bái làm Khai phủ nghi đồng tam tư, Thái phó, Lục quân quốc trọng sự, vẫn giữ chức Tri xu mật viện sự, ban vàng bạc các loại.

Ba tỉnh Giang Nam nhiều lần xin bãi Hành xu mật viện, Thành Tông hỏi Bá Nhan – khi ấy đã bệnh không gượng dậy nổi - ông giương mắt đáp: “Tỉnh gần, đặt các viện thì nên; tỉnh xa phân chia quân – dân để quản lý thì bất tiện.” Thành Tông cho là phải, nên 3 viện (của 3 tỉnh) đều bãi. Ngày bính thân tháng 12 ÂL (7/1/1295), mùa đông, có sao lớn rơi ở phía đông bắc. Ngày kỷ hợi (10/1), trời rét đậm, khiến nước mưa đọng trên cây đóng băng. Ngày canh tý (11/1), Bá Nhan qua đời, hưởng thọ 59 tuổi.

Bá Nhan tính thâm trầm, có mưu lược lại quyết đoán, cầm 20 vạn quân đánh Tống, như đem theo 1 người; được các tướng soái ngưỡng mộ như thần thánh. Xong việc về triều, hành trang mang theo chỉ có quần áo, lúc thường cũng không nhắc đến công lao. Năm Đại Đức thứ 8 (1304), được đặc tặng Tuyên Trung Tá Mệnh Khai Tể công thần, Thái sư, Khai phủ nghi đồng tam tư, truy phong Hoài An vương, thụy là Trung Vũ. Năm Chí Chánh thứ 4 (1344), được gia tặng Tuyên Trung Tá Mệnh Khai Tể Dực Đái công thần, tiến phong Hoài vương, còn lại như cũ.

Các con là Mãi Đích làm đến Thiêm xu mật viện sự, Nang Gia Đãi làm đến Xu mật phó sứ.